“入选后没有淘汰机制，就自然享受相关待遇、政策，造成有的学校吃老本，形成新的‘铁饭碗’。”中国教育科学研究院研究员储朝晖说，而未进入211、985工程的高校，即便拥有特色学科，也因缺少经费支持，在科研人才引进、生源质量等方面被甩在后面，导致高校被分成“三六九等”。
有媒体曾统计发现，2009-2013年，211、985高校拿走了7成的政府科研经费，而不少用人单位也更青睐211、985工程高校毕业生，甚至以此作为门槛设限，招聘大学毕业生。
然而，由于缺乏专业评价，储朝晖分析，985高校和211高校在使用财政支持方面，又易出现绩效偏低等问题。
教育部教育发展研究中心教育体制改革研究室主任王烽则表示，不少211、985高校反映在经费使用上“管得过死”。
“对应这些问题，方案都有针对性的解决措施。”王烽称，比如，方案引入了绩效评价甚至是第三方评价，并提出建立动态支持机制，即“在相对稳定支持的基础上，根据相关评估评价结果、资金使用管理等情况，动态调整支持力度，增强建设的有效性。”
哈尔滨工业大学校长周玉则发现，方案第一次明确进一步增强高校财务自主权和统筹安排经费的能力。
“与211、985等建设工程相比，方案有个重要的进步就是从以前的学校建设转向在建设学校的同时更加注重学科的建设。”中国人民大学教育学院教授项贤明认为，这有利于对高等教育的支持真正落到实处。
释疑
什么是世界一流大学？
难有具体标准，但应在学术上有崇高声誉
储朝晖发现，方案并未规定什么是世界一流大学和学科。
如何评估高校是否属于世界一流？储朝晖认为，真正的一流大学应该是个性化的，“不能设计一流大学有什么共同目标。”
