面对相关办案人员，杨晓波曾嚎啕大哭、泣泪忏悔，“自己以为自己是为了家庭，殊不知亲情比金钱重要，设想了一亿种自己的人生，规划了一千亿种，也没有想到我是怎么走到这一步的，我把人间最真的东西，用自己的双手抛弃了，我只想好好改造，虽然我很恐惧未来的生活，恐惧看守所，恐惧监狱，恐惧也得去呀，真的很难，对不起，救救我吧。”
2014年9月，因涉嫌受贿罪，经山西省检察院批准，杨晓波被太原市公安局逮捕，后于当月18日由太原市人民检察院向太原市中级法院移交审查起诉。
太原市检察院认为，杨晓波身为国家机关工作人员，利用职务便利，为他人谋取利益，非法收受他人财物，价值1431.111万元，其行为触犯了《中华人民共和国刑法》第三百八十五条，犯罪事实清楚，证据确实充分，应当以受贿罪追究其刑事责任。
起诉书显示，杨晓波被控内容共计41条，前13条是相关企业负责人通过向杨晓波行贿钱物等形式，请求其对所在企业提供帮助，其中也有杨晓波主动索贿的情节。
比如，2012年中秋节前，某能源公司负责人赵某甲送给杨晓波蓝宝石戒指一枚，次年又送给她35万美元。2014年春节前，杨晓波以急需用钱为由，向赵某甲索要人民币30万元，后赵某甲送给她翡翠首饰一套（含一枚戒指、一条手链、一副耳钉）。杨晓波任职期间，要求另一家能源公司为赵某甲所在公司提供两亿元的贷款担保，同时为赵某甲所在公司在县域产业发展专项资金及工业技术改造资金的拨付上提供帮助。
剩余28条起诉内容主要涉及杨晓波帮忙下属在职务晋升、子女亲属工作调动、“关照工作”等方面收受贿赂，涉嫌行贿人不仅包括乡镇干部，也包括各局主要领导。
比如，2012年春节前，某乡镇党委书记司某某向杨晓波表达了想竞争市发改局一职务的意愿，送给她两根金条（每根重量为500克）。同年2月，司某某如愿以偿。2014年春节前，为感谢杨晓波，司某某再次送其1万元。
