医疗卫生机构无疑是采集和存储健康医疗大数据的主力军，而且相比较基于移动医疗应用所产生的数据，源自医疗卫生机构的数据特别是电子病历数据(EMR)，具有更高的准确度和商业开发价值。但是在目前的医疗体制下，医疗卫生机构很难有动力去共享这些数据，医疗卫生机构和医疗卫生机构之间、医疗卫生机构和社会公众领域之间，均存在不同程度的数据壁垒。数据孤岛效应一方面造成了患者数据重复采集和医疗资源浪费，另一方面也阻碍了健康医疗大数据的系统性开发和建设。
3 、数据标准化问题
目前医疗健康大数据的来源、产生源很多，如医院、医药公司等机构产生的医疗数据、各种基因组学的数据。对于整个健康医疗大数据行业来说，标准的制定非常迫切。
首先，临床积累的健康医疗数据需要标准化，因为每个医生描述不一样，最后做数据分析和挖掘的结果也不一样;并且，生命科学不仅是医学，还是生命基础科学研究，但各个机构之间如果没有统一标准，最后出来的数据质量也会不一样;此外，健康医疗大数据最后需要进行解读，但是如何去解读也没有统一化和标准化。可能数学家在用数学的方法，统计学家用统计学的方法，生物学家要用遗传咨询的方法。不同的解读方法，最后解读出来的结果也不一样。因此，如何建立标准是健康医疗大数据行业急需考虑的问题。
4 、健康医疗大数据人才缺失
尽管大数据是当前网络信息发展的潮流与方向，然而不容忽视的是，当前在大数据环境中，医疗信息技术的人才存在严重不足的现状。医疗与计算机同属于知识密集型行业，医疗大数据初兴，了解这两个行业特点的复合型人才少之又少。人才数量稀少、综合素质不高、缺乏相应的培训与教学机制等，都严重阻碍了大数据人才的培养过程。
三、《国家健康医疗大数据标准、安全和服务管理办法（试行）》出台，直击以上痛点
2018年9月13日，国家卫生健康委员会正式发布《国家健康医疗大数据标准、安全和服务管理办法(试行)》(下简称：《试行办法》)。
《试行办法》明确健康医疗大数据的定义、内涵和外延，以及制定办法的目的依据、适用范围、遵循原则和总体思路等，明确各级卫生健康行政部门的边界和权责，各级各类医疗卫生机构及相应应用单位的责权利，并对三个方面进行了规范。
一是标准管理，明确开展健康医疗大数据标准管理工作的原则，以及各级卫生健康行政部门的工作职责。提倡多方参与标准管理工作，完善健康医疗大数据标准管理平台，并对标准管理流程、激励约束机制、应用效果评估、开发与应用等作出规定。
二是安全管理，明确健康医疗大数据安全管理的范畴，建立健全相关安全管理制度、操作规程和技术规范，落实“一把手”负责制，建立健康医疗大数据安全管理的人才培养机制，明确了分级分类分域的存储要求，对网络安全等级保护、关键信息基础设施安全、数据安全保障措施、数据流转全程留痕、数据安全监测和预警、数据泄露事故可查询可追溯等重点环节提出明确的要求。
三是服务管理，明确相关方职责以及实施健康医疗大数据管理服务的原则和遵循，实行“统一分级授权、分类应用管理、权责一致”的管理制度，明确了责任单位在健康医疗大数据产生、收集、存储、使用、传输、共享、交换和销毁等环节中的职能定位，强化对健康医疗大数据的共享和交换。
